Bohaterowie stają u progu zwycięstwa lub unicestwienia w wojnie przeciwko Maszynom. Dla Neo oznacza to jedno: musi podążyć tam, dokąd nie ośmielił się wyruszyć żaden człowiek - do Miasta Maszyn i stawić czoła zbuntowanemu programowi Smithowi, który zyskał niewyobrażalną moc.