Wysłany z misją ratunkową w najdalsze zakątki kosmosu, USS Enterprise zostaje zaatakowany przez Kralla, zaprzysięgłego wroga Federacji. Po awaryjnym lądowaniu na nieznanej i nieprzyjaznej planecie, Kapitan Kirk, Spock i reszta załogi, zostają rozdzieleni i nie mają możliwości ucieczki. Jedynie Jaylah, zbuntowany obcy wojownik jest w stanie im pomóc w połączeniu się i znalezieniu drogi powrotnej. Rozpoczyna się niebezpieczny wyścig z czasem, którego stawką jest powstrzymanie armii Kralla przed rozpętaniem galaktycznej wojny.