Neo jest genialnym hakerem. Pewnego dnia nawiązuje z nim kontakt tajemniczy Morfeusz - człowiek, który obiecuje przekazać mu wiedzę o rzeczywistości, w jakiej żyje. Prawdę o dwóch światach: prawdziwym i wygenerowanym, który ma tylko udawać rzeczywistość. Neo przystaje do grupy Morfeusza i zaczyna dostrzegać, że świat, w którym egzystował to fikcja, a jego życiem cały czas ktoś kierował. Kolejne stopnie wtajemniczenia stawiają przed Neo nowe pytania. Czym jest Matrix i komu służy? I jaką rolę w planie Morfeusza ma do spełnienia on sam?